Windows 2000的注册表也分为两个部分,但是包括多个文件。其中,用户配置文件保存在根目录“Documents and Settings”下的用户名的目录中,包括Ntuser.dat和Ntuser.ini两个隐藏文件及Ntuser.log日志文件。系统配置文件位于Windows 2000系统目录下的“system32\config”中,包括Default、Software、System、Appevent.evt、Secevent.evt、Sysevent.evt等多个隐藏文件及其相应的log文件和.sav文件。这些注册表文件在Windows 2000运行时无法使用其他工具打开,这一点于Windows 9x下的System.dat及User.dat不同。